A. 在上海买房贷款首付比例
就您上述情况，
在上海只能限购1套，但夫妻双方必须至少有一人社保或个税，自购房之日前连续缴纳满5年及以上。
买房需要资料：借款人夫妻双方户口簿、身份证及复印件、与售房单位签订的购房合同或协议、借款人首期房款存款证明及复印件。个人住房贷款申请表（格式银行提供）等。
首付比例：
在上海有一套房或无房屋但有住房贷款记录的，购买普通住宅首付比例不低于50%，购买非普通住宅首付比例不低于70%。
所以，如果您已经有5年以上社保，就有购房资格，再您南京房子房贷还存在的情况下，您在上海买普通住房首付比例是不低于50%。
目前未还清南京那套房贷的前提下，您如果在上海买房估计只能用商业贷款，年后如卖掉南京房子，可以申请变更为公积金贷款。
具体执行政策有差异，以您意向购买房源的地区政策为主。
B. 公积金贷款首付比例最低多少
因各地住房公积金管理中心针对办理个人住房公积金贷款的政策及要求存在差异，具体信息建议您咨询当地公积金管理中心。以上内容供您参考，业务规定请以实际为准。
如有疑问，欢迎咨询中国银行在线客服或下载使用中国银行手机银行APP咨询、办理相关业务。
C. 上海公积金和商业贷款组合贷款首付几成
因各地区办理贷款业务的政策及要求有所差异，建议您联系中国银行当地营业网点详细咨询。如有疑问，欢迎咨询中国银行在线客服或下载使用中国银行手机银行APP咨询、办理相关业务。
以上内容供您参考，业务规定请以实际为准。